根據我國農業行業標準（NY884—2012）規定，生物有機肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如禽畜糞便、農作物秸稈等）為來源并經有機肥設備無害化處理腐熟的有機物科復合而成的一糞兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。

這就確定了生物有機肥有兩個組成部分：①特定功能微生物。②主要以動植物殘體為來源，經腐熟的有機物料（不一定是有機肥料）。

1）特定功能微生物

生物有機肥中的特定功能微生物通常是指施入土壤后，對土壤營養成分轉化和作物生長有促進作用的微生物，包括細菌、真菌、放線菌中的不同種類。就所具具備的特定功能，可以分類如下：

1、固氮菌類：①共生固氮菌：主要是指豆科作物根瘤菌如：根瘤菌屬、固氮根癌菌屬、慢性固氨根瘤苗屬等；非豆科作物共生固氮菌如：弗蘭克氏菌屬、藍細菌屬，他們的固氮效率較高。②自生固氮菌：如圓褐固氮菌、光合細菌等。（3）聯合固氮菌：是指生活在植物根際根表、葉表時才能孤單的微生物，如假單胞菌屬、生脂固氮螺菌等。

2、解（溶）磷菌類：芽孢桿菌屬（如巨大芽孢桿菌、蠟狀芽孢桿菌、短小芽孢桿菌等）、假單胞桿菌屬（如熒光假單胞桿菌），固氮菌、根瘤菌、氧化硫硫桿菌、青霉、黑曲霉、根霉、鏈霉菌、AM菌根菌等。

3、解（溶）鉀菌類：硅酸鹽細菌（如膠質芽孢桿菌、膠凍樣芽孢桿菌、環狀芽孢桿菌）、非硅酸鹽鉀細菌。

4、抗生菌類：木霉（如哈茨木霉）、放線菌（如細黃鏈霉菌5406、密旋鏈霉菌）、熒光假單胞菌、多粘類芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌變種、VA菌根真菌等。

5、PGPR（根際促生細菌）和PGPF（植物促生真菌）

6、光臺細菌：紅色假單匏菌屬的若干種、紅螺菌屬的若干種，這些種是兼性好氧菌，有氫狀態下可以生長，適合制作生物有機肥。

7、抗蟲增產菌糞：白僵菌屬，綠僵菌屬、擬青酶屬、蟲草屬、芽孢桿菌數。

8、纖維素分解苗糞：嗜熱性側孢霉、木霉、毛霉等。

9、其他功能性微生物：很多微生物進入土壤后，能夠分泌生理活性物質，刺激和調節植物生長有些對土壤毒物具有凈化分解作用，如酵母、乳酸菌等。

2）以動物殘體為來源經腐熟的有機物料。而未經有機肥發醉庸熟菌種腐熟的有機物料，不能直接用來制作有機肥料。未經發酵腐熟的有機物料制作的有機肥料，無法進入市場。

為了更好的腐熟，讓菌種更好的跟發酵物接觸，可以通過下面的槽式翻拋機進行均勻攪拌。更多需求客戶，可以參考，了解更多翻拋設備以及參數信息。

常用的有機物料有：

（1）糞便類雞糞、豬糞、牛糞、羊糞、馬糞等動物糞便；

（2）秸稈類玉米秸稈、稻草、麥秸、豆秸等農作物秸稈；

（3）殼糠類稻殼、稻殼粉、花生殼粉、花生秧粉、谷糠、菌糠等；

（4）糟渣類酒糟、醬油糟、醋糟、糠醛糟、木糖糟、酶渣、大蒜渣、糖渣等；

（5）餅粕類豆餅、豆粕、油枯、菜籽餅等。

（6）其他生活污泥、糖廠濾泥、糖泥、蔗渣等。

這些原料用有機肥發酵菌種發酵后，都可以作為生物有機肥制作的輔助營養原料。需要說明的是，在制作生物有機肥時，這些發酵原料不必都達到有機肥中所要求養分的標準，可以利用后期工藝進行添加處理。