畜禽養殖糞污處理及資源化利用研究，是國際農業環境的熱點研究領域之一，是保證農牧業可持續發展柏農畜產品安全的關鍵技術。當前，畜禽養殖糞污處理技術呈現如下發展趨勢:

1、根據不同的區域特點和不同的養殖品種重構、拓展畜禽養殖糞污處理的生態工程模式，為養殖糞污處理利用產業化提供配套產品。

2、深化廢水厭氧生物處理技術。針對不同類型的沼氣池，研究開發特定的菌株和添加劑，提高不同季節的沼氣產出效率。

3、亟待研究沼液梯級利用技術。國內的沼氣工程目前普遍以濕法發酵工藝為主，每天產生的沼液是沼渣的6~7倍。沼液的綜合利用是沼氣工程取得實效的一個關鍵環節。沼液COD含量一般在5000mg/L以上，魚蝦不能直接生存，必須梯級處理后使用。通過建立生物浮島，利用特定水生植物把COD濃度降低到2000mg/L左右，再選擇耐肥水、養殖利潤高的魚蝦品種實現“以魚養水”的生態目標，并且將蛆酬生態濾池技術創造性地引入水產養殖中，建立微生物-植物-動物聯合修復的生物修復新模式，實現餌料培養和水質凈化一體化的高效目標。

4、完善蚯蚓生物分解處理技術。利用蚯蚓的生命活動來處理畜禽糞污是一項古老而又年輕的生物技術。糞污通過蚯蚓的消化系統，在各種酶的作用下，能迅速分解、轉化成為自身或其他生物易于利用的營養物質，既可以生產優良的動物蛋白，又可以生產肥沃的復合有機肥。蚯蚓糞的資源化利用和產品開發技術有待研究，特別是開發特殊工藝，將蚯蚓糞制成高效除臭劑，有效吸附養殖場異味。